Монастырь расположен в левобережье реки Мокши, в 10 км от г. Темникова. Свое название он получил от небольшого оз. Санаксар, находящегося под стенами обители. Монастырь основан в царствование Алексея Михайловича игуменом Феодосием в 1659 году. Монастырь славился строгостью устава, поэтому сюда приходили монахи из других обителей, желавшие спастись в более суровых условиях. С жизнью монастыря связано имя преподобного старца Феодора (Ушакова) - возобновителя обители. Его усилиями бывшая Санаксарская пустынь, предназначенная к закрытию по повелению императрицы Екатерины II, стала именоваться монастырем и со временем превратилась в процветающую обитель. У стен собора Рождества Богородицы был похоронен племянник старца - выдающийся флотоводец Федор Ушаков, окончивший свои дни также в этой обители и прославленный Церковью в лике святых воинов.
В 1920-е г.г. монастырь был закрыт, братия репрессирована, святыни уничтожены.
Летом 1991 г. обитель начала возрождаться. Сейчас в монастыре насчитывается более 80 человек братии. Настоятель - архимандрит Варнава.
Адрес монастыря: Россия, 431220, Мордовия, г. Темников; тел. (83445) 2-21-42.
